遺伝子組み換えされた作物・生物はこれまで地球に存在しなかったものです。それらが自然に何らかの形で入り込み、繁殖や異種交配をしていった結果、生態系のバランスがいちじるしく崩される可能性を指摘する声があります。
実際、輸送中のトラックから落ちた遺伝子組み換え作物の種子が自生したり、遺伝子組み換え作物を栽培している業者から農家が不正に入手した種子を畑で作り始めてしまったりと、徐々に自然界に放たれていっているのが現状です。
生命力が強く、食べた生物にどういった影響が現れるかがわかっていない 遺伝子組み換え作物が生態系に取り込まれていくことでどういった変化（生物の突然変異、ある生物種の絶滅、新種のウィルスの発生等）が起こるかはまだ誰もわかりません。
新たな環境問題になるという見方もあり、予防原則（疑わしきは使わない）という観点から注意を促す意見もあります。
不安を感じている人が多くいるのは事実でしょう。